KOSSDA는 이인표재단의 지원을 받고 자료기탁 기관들의 컨소시엄을 구성하여 운영하고 있다. KOSSDA의 최고의사결정기구는 컨소시엄 참여기관들의 대표자들이 선출하여 구성한 집행위원회이며 실무 조직은 원장을 최고 관리자로 해서 대외협력과 자료관리, 자료수집과 데이터베이스 구축 및 방법론 교육과 연구 업무가 효율적으로 수행될 수 있도록 기획관리실, 자료개발실 및 교육연구실로 이루어져 있다.